MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Streptococcus suis SS12 chromosome

Total Repeats: 36708

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017619	AAC	2	6	11	16	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386581048
2	NC_017619	T	6	6	17	22	0 %	100 %	0 %	0 %	386581048
3	NC_017619	A	6	6	148	153	100 %	0 %	0 %	0 %	386581048
4	NC_017619	A	7	7	164	170	100 %	0 %	0 %	0 %	386581048
5	NC_017619	TAC	2	6	267	272	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386581048
6	NC_017619	AAG	2	6	279	284	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581048
7	NC_017619	CTC	2	6	323	328	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386581048
8	NC_017619	AAT	2	6	400	405	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386581048
9	NC_017619	ATT	2	6	465	470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581048
10	NC_017619	TGG	2	6	477	482	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386581048
11	NC_017619	TCA	2	6	581	586	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386581048
12	NC_017619	A	7	7	631	637	100 %	0 %	0 %	0 %	386581048
13	NC_017619	ACTT	2	8	653	660	25 %	50 %	0 %	25 %	386581048
14	NC_017619	TGA	2	6	666	671	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581048
15	NC_017619	TC	3	6	679	684	0 %	50 %	0 %	50 %	386581048
16	NC_017619	TAA	2	6	687	692	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386581048
17	NC_017619	CAA	2	6	695	700	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386581048
18	NC_017619	GAA	2	6	706	711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581048
19	NC_017619	A	7	7	740	746	100 %	0 %	0 %	0 %	386581048
20	NC_017619	GAA	2	6	799	804	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581048
21	NC_017619	CTATC	2	10	928	937	20 %	40 %	0 %	40 %	386581048
22	NC_017619	ACGT	2	8	959	966	25 %	25 %	25 %	25 %	386581048
23	NC_017619	TGC	2	6	1041	1046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386581048
24	NC_017619	ACAA	2	8	1068	1075	75 %	0 %	0 %	25 %	386581048
25	NC_017619	CG	3	6	1188	1193	0 %	0 %	50 %	50 %	386581048
26	NC_017619	GACA	2	8	1224	1231	50 %	0 %	25 %	25 %	386581048
27	NC_017619	ATGC	2	8	1285	1292	25 %	25 %	25 %	25 %	386581048
28	NC_017619	AATAA	2	10	1297	1306	80 %	20 %	0 %	0 %	386581048
29	NC_017619	CTC	2	6	1312	1317	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386581048
30	NC_017619	GAT	2	6	1321	1326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581048
31	NC_017619	A	6	6	1356	1361	100 %	0 %	0 %	0 %	386581048
32	NC_017619	TAA	2	6	1545	1550	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386581049
33	NC_017619	AT	3	6	1553	1558	50 %	50 %	0 %	0 %	386581049
34	NC_017619	A	6	6	1599	1604	100 %	0 %	0 %	0 %	386581049
35	NC_017619	TTA	2	6	1772	1777	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581049
36	NC_017619	AAG	2	6	1880	1885	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581049
37	NC_017619	ACAA	2	8	1956	1963	75 %	0 %	0 %	25 %	386581049
38	NC_017619	GTC	2	6	2000	2005	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386581049
39	NC_017619	TGA	2	6	2115	2120	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581049
40	NC_017619	TGT	2	6	2127	2132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386581049
41	NC_017619	TC	3	6	2146	2151	0 %	50 %	0 %	50 %	386581049
42	NC_017619	GAT	2	6	2176	2181	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581049
43	NC_017619	TCT	2	6	2198	2203	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386581049
44	NC_017619	AAT	2	6	2209	2214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386581049
45	NC_017619	TTA	2	6	2257	2262	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581049
46	NC_017619	TACC	2	8	2268	2275	25 %	25 %	0 %	50 %	386581049
47	NC_017619	ACCG	2	8	2281	2288	25 %	0 %	25 %	50 %	386581049
48	NC_017619	AAC	2	6	2310	2315	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386581049
49	NC_017619	TCT	2	6	2364	2369	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386581049
50	NC_017619	TAA	2	6	2412	2417	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386581049
51	NC_017619	TGT	2	6	2418	2423	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386581049
52	NC_017619	ACTT	2	8	2521	2528	25 %	50 %	0 %	25 %	386581049
53	NC_017619	TCT	2	6	2581	2586	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386581049
54	NC_017619	GTCC	2	8	2587	2594	0 %	25 %	25 %	50 %	386581049
55	NC_017619	AAT	2	6	2611	2616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386581049
56	NC_017619	TA	4	8	2763	2770	50 %	50 %	0 %	0 %	386581050
57	NC_017619	CTG	2	6	2799	2804	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386581050
58	NC_017619	CATAT	2	10	2807	2816	40 %	40 %	0 %	20 %	386581050
59	NC_017619	AAAG	2	8	2825	2832	75 %	0 %	25 %	0 %	386581050
60	NC_017619	A	6	6	2883	2888	100 %	0 %	0 %	0 %	386581050
61	NC_017619	AGT	2	6	2921	2926	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581050
62	NC_017619	TTA	2	6	3007	3012	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581050
63	NC_017619	TA	3	6	3063	3068	50 %	50 %	0 %	0 %	386581050
64	NC_017619	AG	3	6	3088	3093	50 %	0 %	50 %	0 %	386581050
65	NC_017619	AT	3	6	3107	3112	50 %	50 %	0 %	0 %	386581050
66	NC_017619	A	7	7	3203	3209	100 %	0 %	0 %	0 %	386581050
67	NC_017619	ATT	2	6	3265	3270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581050
68	NC_017619	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581050
69	NC_017619	T	6	6	3335	3340	0 %	100 %	0 %	0 %	386581050
70	NC_017619	TGG	2	6	3367	3372	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386581050
71	NC_017619	GAAG	2	8	3409	3416	50 %	0 %	50 %	0 %	386581050
72	NC_017619	TTA	2	6	3476	3481	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581050
73	NC_017619	TCT	2	6	3497	3502	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386581050
74	NC_017619	ATT	3	9	3556	3564	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581050
75	NC_017619	GA	3	6	3576	3581	50 %	0 %	50 %	0 %	386581050
76	NC_017619	GTAT	2	8	3624	3631	25 %	50 %	25 %	0 %	386581050
77	NC_017619	AGG	2	6	3637	3642	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386581050
78	NC_017619	TCA	2	6	3696	3701	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386581051
79	NC_017619	TAA	2	6	3721	3726	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386581051
80	NC_017619	ATG	2	6	3791	3796	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581051
81	NC_017619	TGG	2	6	4171	4176	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386581052
82	NC_017619	AAC	2	6	4177	4182	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386581052
83	NC_017619	AATG	2	8	4190	4197	50 %	25 %	25 %	0 %	386581052
84	NC_017619	GAA	2	6	4215	4220	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581052
85	NC_017619	TGT	2	6	4247	4252	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386581052
86	NC_017619	ATT	2	6	4289	4294	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581052
87	NC_017619	ATT	2	6	4303	4308	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581052
88	NC_017619	CAG	2	6	4409	4414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386581053
89	NC_017619	TCG	2	6	4418	4423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386581053
90	NC_017619	TCA	2	6	4568	4573	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386581053
91	NC_017619	AAAT	2	8	4659	4666	75 %	25 %	0 %	0 %	386581053
92	NC_017619	AG	3	6	4821	4826	50 %	0 %	50 %	0 %	386581053
93	NC_017619	CAA	2	6	4830	4835	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386581053
94	NC_017619	A	6	6	4853	4858	100 %	0 %	0 %	0 %	386581053
95	NC_017619	A	6	6	4910	4915	100 %	0 %	0 %	0 %	386581053
96	NC_017619	AGA	2	6	4929	4934	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581053
97	NC_017619	GAA	2	6	4969	4974	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581053
98	NC_017619	A	6	6	4976	4981	100 %	0 %	0 %	0 %	386581053
99	NC_017619	TGA	2	6	5037	5042	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581053
100	NC_017619	GCA	2	6	5098	5103	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386581053
101	NC_017619	GTG	3	9	5119	5127	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386581053
102	NC_017619	GAA	3	9	5143	5151	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581053
103	NC_017619	CGA	2	6	5163	5168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386581053
104	NC_017619	CTTG	2	8	5247	5254	0 %	50 %	25 %	25 %	386581053
105	NC_017619	CAG	2	6	5273	5278	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386581053
106	NC_017619	AGG	2	6	5285	5290	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386581053
107	NC_017619	CTC	2	6	5324	5329	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386581053
108	NC_017619	GAT	2	6	5395	5400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581053
109	NC_017619	AAG	2	6	5432	5437	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581053
110	NC_017619	GAA	2	6	5452	5457	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581053
111	NC_017619	CAT	2	6	5487	5492	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386581053
112	NC_017619	A	6	6	5667	5672	100 %	0 %	0 %	0 %	386581054
113	NC_017619	GATT	2	8	5679	5686	25 %	50 %	25 %	0 %	386581054
114	NC_017619	AAACA	2	10	5721	5730	80 %	0 %	0 %	20 %	386581054
115	NC_017619	TGC	2	6	5745	5750	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386581054
116	NC_017619	A	6	6	5838	5843	100 %	0 %	0 %	0 %	386581054
117	NC_017619	ATGA	2	8	5870	5877	50 %	25 %	25 %	0 %	386581054
118	NC_017619	TTA	2	6	5908	5913	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581054
119	NC_017619	TAG	2	6	5937	5942	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581054
120	NC_017619	GAC	2	6	5948	5953	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386581054
121	NC_017619	TGG	2	6	6001	6006	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386581054
122	NC_017619	TGTCT	2	10	6112	6121	0 %	60 %	20 %	20 %	386581054
123	NC_017619	GAA	2	6	6197	6202	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386581054
124	NC_017619	GAT	2	6	6203	6208	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581054
125	NC_017619	ATCA	2	8	6277	6284	50 %	25 %	0 %	25 %	386581055
126	NC_017619	AATC	2	8	6301	6308	50 %	25 %	0 %	25 %	386581055
127	NC_017619	TTA	3	9	6319	6327	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581055
128	NC_017619	ATG	2	6	6416	6421	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581055
129	NC_017619	ATT	2	6	6451	6456	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386581055
130	NC_017619	T	6	6	6478	6483	0 %	100 %	0 %	0 %	386581055
131	NC_017619	GAT	2	6	6487	6492	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386581055
132	NC_017619	GTTT	2	8	6507	6514	0 %	75 %	25 %	0 %	386581055
133	NC_017619	TCAA	2	8	6534	6541	50 %	25 %	0 %	25 %	386581055
134	NC_017619	A	6	6	6724	6729	100 %	0 %	0 %	0 %	386581055
135	NC_017619	T	6	6	6823	6828	0 %	100 %	0 %	0 %	386581055
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137	NC_017619	TC	3	6	6905	6910	0 %	50 %	0 %	50 %	386581055
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